メニューブロックに表示されるはずのページが公開されているかを確認してください。
SITE PUBLIS2の編集画面では、メニュー項目のページが公開されていなくても、メニューブロックに表示されますが、公開画面では、メニュー項目のページを公開しないと、メニューには表示されません。